Era noto in monastero che suor Angela Caterina si disciplinasse con strumenti di penitenza. Certo ai tempi non era una pratica così eccezionale, ma prova la volontà della Serva di Dio di diminuire il proprio “io” per veder crescere, nell’animo, il Signore Iddio. Angela Caterina molte volte si disciplinava in locali disabitati del monastero. Quotidianamente recitava la Via Crucis, in modo lento e scrupoloso, e in camera volle i quadri delle stazioni, davanti ai quali pregava se era ammalata. Si era procurata un “orologio della passione”. 

Quotidianamente, se poteva, amava salire la “Scala Santa” che era in monastero. Quando la Domenica di Passione si esponeva in coro un “Ecce Homo” di pietra, fino al Venerdì Santo, il trasporto volle sempre farlo suor Angela Caterina, anche se era pesante. Tale sua devozione la rese partecipe delle sofferenze di Cristo, tanto che un giorno se lo vide davanti. Le disse: “Sin ora sono stato io crocifisso per te, ora tocca a te stare in croce per me”. Staccatosi dalla Croce, prese il suo cuore e, postovi una croce all’interno, lo mise nel petto di Angela Caterina pronunciando queste parole: “Finché non sarà rimarginata la carne intorno al cuore, non avrai pace”. Dopo questa esperienza mistica la Serva di Dio cominciò a soffrire di disturbi cardiaci. Questo capitò un anno prima della morte. Ebbe in seguito un fervore ancora più grande, un’umiltà più profonda e il desiderio sempre più acceso di patire per Dio. In comunità erano in poche a conoscere tali fatti.

Suor Angela Caterina pregava sia mentalmente, sia con posture del corpo. Più volte fu trovata in un locale assai remoto, genuflessa, con le braccia aperte, immobile. Un’altra volta fu trovata da alcune novizie in un sottoscala umido e buio. In ginocchio, con le braccia come in croce. Il sacerdote vide in Angela Caterina ciò che scrive Giovanni della Croce nella Notte Oscura e nelle Opere spirituali che conducono l’anima alla perfetta unione con Dio. Disse la Serva di Dio che in questo stato “… non trovava compagnia in niuna cosa di questo mondo, e gli pareva, che tutte le creature le stessero tanto lontane, quanto sta la terra dal cielo”. Il confessore ebbe come riferimento nella conduzione spirituale della Borgia proprio l’opera del riformatore carmelitano, vi trovò descritti i suoi patimenti di spirito, come “appetiti sensitivi” che restano “addormentati e mortificati”, “l’intelletto offuscato ed anche la volontà arida”.