La peste del 1656-1657 fu un colpo terribile per la vita del Monastero di S. Chiara, poiché segnò il principio di quel decadimento che doveva durare due secoli. È vero che i Domenicani dopo cessato il morbo e chiuso il Lazzaretto, ritornarono a S. Chiara ma senza porvi stabile dimora e servendosene piuttosto come casa di campagna.

Ciò durò fino al 1797, in cui il Monastero, caduto sotto la soppressione, passò a mani di privati speculatori che lo ridussero ad uso abitazioni. Una relazione del Parroco di S. Francesco d’Albaro del 1809 parlando della chiesa di S. Chiara, già villeggiatura dei PP. Domenicani ci fa pensare che qualche volta all’anno vi si diceva una Messa per comodo delli infermi della parrocchia. Era l’unica fra le tante piccole chiese, della parrocchia, soppresse dalla rivoluzione, che ancora non fosse interamente tolta al culto. In seguito però cessata la bufera rivoluzionaria e migliorate le condizioni generali della vita religiosa, anche le sorti della nostra Chiesa si rialzarono. La Provvidenza che vegliava sulle sorti di questo Monastero e lo preparava ad essere un giorno il dolce asilo di pace delle Monache Agostiniane, disponeva che esso dopo aver dato stanza ai principali ordini religiosi, Benedettini, Francescani, Gesuiti e Domenicani, ora per opera di un altro ordine, l’Agostiniano, assurgesse allo stato di prosperità non mai raggiunto. Nel 1875 vi si stabilì una congregazione di Terziarie Agostiniane che cominciarono ad uffiziare quotidianamente la Chiesa, con grande vantaggio della popolazione vicina; a queste successero poi nel 1894 i PP. Agostiniani della casa di N.S. della Consolazione in Genova i quali, per opera del compianto P. Capecci, poi Vescovo di Alessandria, vi posero il noviziato e quindi non solo vi fecero grandi ristori, ma l’ampliarono assai, costruendo a nuovo il caseggiato a mezzogiorno, che ora forma l’abitazione principale delle suore. Queste vennero a S. Chiara in numero di 18 il 26 Gennaio del 1900 e fino ad oggi dopo un ventennio la comunità prese nuovo incremento e divenne uno dei più fervorosi centri di vita religiosa da emulare i più esemplari monasteri di Genova.