Il secolo XVII si apre con una nuova serie di benefattori, i quali gareggiano con quelli sopra accennati nella generosità verso il Monastero di S. Maria Maddalena: Giuliano Centurione, Paolo G.B. Spinola, Stefano Semino, ecc…. 

 Lo sviluppo che aveva preso la comunità imponeva un nuovo ampliamento della casa e nel 1614 si erano già iniziati i lavori per alzare di un piano una parte di essa, il che allarmò i vicini Disciplinati di S. Andrea, i quali per mezzo del loro procuratore Andrea Rivanegra fecero opposizione presso l’ufficio delle monache, ma questo non accolse la protesta, sicché i lavori poterono essere attuati secondo i desideri delle monache. Altri vicini erano i Disciplinati di S. Bartolomeo delle Fucine, i quali nel 1646 presero ad ingrandire il loro fabbricato con danno del monastero stesso, sicché l’11 Settembre 1646 la priora Angela Pedemonte protestava presso il Vicario Arcivescovile che “I Priori di detta Casaccia di S. Bartolomeo fabbricano assai vicino, dirimpetto, in parte del convento, recandoci assai danno, fastidio…” perciò chiedeva che facessero loro sospendere i lavori. Il che fece il Vicario, ordinando il giorno stesso la sospensione. La chiesa ampliata, costruita al nuovo insieme al monastero nel secolo precedente, era officiata da due cappellani. Nel 1613 era cappellano maggiore il Rev. Simone Pittaluga. Le feste principali che in essa si celebravano erano: quella della santa titolare S. Maria Maddalena, dell’Annunciazione di Maria Santissima per la quale l’Arcivescovo Durazzo nell’anno 1658 e seguenti concedeva l’indulgenza di 100 giorni a chi, confessato e comunicato, visitava questa chiesa. Anzi, per la stessa festa nell’anno 1663 si ottenne dalla Santa Sede l’indulgenza plenaria. Più tardi troviamo che si celebravano con particolare devozione e con l’esposizione del SS. Sacramento le feste della suddetta Annunciazione, di S. Agostino, la prima Domenica di Avvento ed i Venerdì di Marzo. Da un altro decreto del 20 Luglio 1717 risulta che vi era l’adorazione delle quarant’ore nella festa di S. Maria Maddalena. Nulla di rimarchevole presentava la chiesa in fatto di arte e gli storici di questa si limitavano ad accennare il titolo della chiesa senza nulla notarvi. Nella celebre pestilenza del 1657 anche la comunità di S. Maddalena fu visitata dal morbo fatale. Il secolo XVII segnò purtroppo un tempo di decadenza. Diminuito il primitivo fervore, proprio di ogni nuova istituzione, questa comunità risentì profondamente dei mali comuni del tempo.  La frequenza dei secolari, anche giovinastri, al monastero, la mancanza di vocazioni, la natura stessa di questo Istituto destinato a ricevere donne di vita poco regolata, portarono purtroppo disordini e pettegolezzi. Due monache scapparono nella notte del 25 Settembre 1638 senza più dare notizie. L’anno successivo riscontriamo nella comunità molta rilassatezza riguardo alla pratica della povertà. Il Card. Durazzo cercò di porre rimedio a questi disordini… ma non cessarono, anzi quattro anni dopo nel 1643 il 5 Ottobre nella notte tre delle più indisciplinate, calandosi da una finestra, tentarono la  fuga, ma riprese alla sera furono ricondotte in monastero dove, fatta penitenza del grave fatto, condussero vita regolare.